A organização e a gestão da USJT elencados a seguir obedece à estrutura prevista no Estatuto da Universidade São Judas Tadeu, aprovado pelo parecer CES/CNE 384/2000 do Conselho Nacional da Educação, devidamente homologado pelo MEC.

Colegiados Superiores

Chancelaria: órgão de ligação entre a Mantenedora e a Universidade, é exercida nos aspectos estatutários e regimentais.

Conselho Universitário – CONSU: órgão consultivo e deliberativo da Universidade, responsável pela preservação da natureza, características e objetivos da Instituição. Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão – CEPE: órgão central de supervisão do ensino, da pesquisa e da extensão, com atribuições deliberativas, normativas e consultivas.

Reitoria: órgão superior executivo e representativo da Universidade, é exercida pelo Reitor, coadjuvado, na qualidade de seus auxiliares diretos e substitutos eventuais, pelos Pró-reitores.

Pró-Reitorias: são órgãos de ação executiva da Reitoria tendo, como função primordial, propor ao Reitor e aos Conselhos Superiores as diretrizes políticas da Universidade, dentro de suas respectivas áreas de ação, e fiscalizar o cumprimento dessas diretrizes e das demais normas legais, estatutárias e regimentais. As Pró-reitorias da USJT são as seguintes: (I) Pró-reitoria de Extensão; (II) Pró-reitoria de Graduação; e (III) Pró-reitoria de Pesquisa e Pós-graduação.

Faculdades: são unidades universitárias que agrupam cursos, coordenando-lhes as atividades de ensino, pesquisa, extensão e de administração, mediante o exercício de atribuições normativas, de supervisão e acompanhamento.

As Faculdades são constituídas por Conselho de Faculdade, Diretoria e cursos, com seu funcionamento definido no Regimento Geral.