A USJT possui, através da institucionalização dos núcleos de pesquisa, uma organização interna própria das atividades de pesquisa. Contudo, a despeito desta organização interna, a USJT também credencia, a pedido, Grupos de Pesquisa na Plataforma Lattes do CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico). Os Grupos de Pesquisa podem ser compostos exclusivamente por pesquisadores (docentes e discentes) da USJT ou pela combinação de pesquisadores da USJT com pesquisadores de outras instituições.
Para cadastrar um Grupo de Pesquisa na Plataforma Lattes, os pesquisadores da USJT devem entrar em contato com o Centro de Pesquisa, através do e-mail cnupe@usjt.br.