A organização e a gestão da USJT elencados a seguir obedece à estrutura prevista no Estatuto da Universidade São Judas Tadeu, aprovado pelo parecer CES/CNE 384/2000 do Conselho Nacional da Educação, devidamente homologado pelo MEC.
Chancelaria: órgão de ligação entre a Mantenedora e a Universidade, é exercida nos aspectos estatutários e regimentais.
Conselho Universitário – CONSU: órgão consultivo e deliberativo da Universidade, responsável pela preservação da natureza, características e objetivos da Instituição. Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão – CEPE: órgão central de supervisão do ensino, da pesquisa e da extensão, com atribuições deliberativas, normativas e consultivas.
Reitoria: órgão superior executivo e representativo da Universidade, é exercida pelo Reitor, coadjuvado, na qualidade de seus auxiliares diretos e substitutos eventuais, pelos Pró-reitores.
Pró-Reitorias: são órgãos de ação executiva da Reitoria tendo, como função primordial, propor ao Reitor e aos Conselhos Superiores as diretrizes políticas da Universidade, dentro de suas respectivas áreas de ação, e fiscalizar o cumprimento dessas diretrizes e das demais normas legais, estatutárias e regimentais. As Pró-reitorias da USJT são as seguintes: (I) Pró-reitoria de Extensão; (II) Pró-reitoria de Graduação; e (III) Pró-reitoria de Pesquisa e Pós-graduação.
Faculdades: são unidades universitárias que agrupam cursos, coordenando-lhes as atividades de ensino, pesquisa, extensão e de administração, mediante o exercício de atribuições normativas, de supervisão e acompanhamento.
As Faculdades são constituídas por Conselho de Faculdade, Diretoria e cursos, com seu funcionamento definido no Regimento Geral.
O organograma geral é mostrado abaixo:

| Chanceler Profª. Alzira Altenfelder Silva Mesquita |
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| Colegiados Superiores | |
| Conselho Universitário - CONSU Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão - CEPE |
Pró-Reitor de Pesquisa e Pós-Graduação Prof. Alberto Mesquita Filho |
| Reitor Prof. José Christiano Altenfelder Silva Mesquita |
Pró-Reitora de Extensão Profª. Lilian Brando Garcia Mesquita |
| Pró-Reitor de Graduação Prof. José Reinaldo Altenfelder Silva Mesquita |
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| Unidades Universitárias | Conselhos de Faculdades | |
| Faculdade de Ciências Biológicas e da Saúde Diretor: Prof. Luís Antônio Baffile Leoni |
Faculdade de Letras, Artes, Comunicação e Ciências da Educação Diretor: Prof. Rosário Antônio D'Agostino |
| Faculdade de Ciências Humanas e Sociais Diretor: Prof. José Carlos Jadon |
Faculdade de Tecnologia e Ciências Exatas Diretor: Prof. Angelo Sebastião Zanini |
| Faculdade de Direito Diretor: Prof. Dr. Fernando Herren F. Aguillar |
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| Órgãos Suplementares | |
| Diretoria de Registro Acadêmico Diretora: Maria Cláudia Mesquita Poças |
Diretoria do Centro de Extensão Diretor: Prof. Fernando Ferrari Duch |
| Diretoria do Centro de Pesquisa Diretor: Prof. Antonio José da Silva |
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